Prof. Schildhauer gründete 1999 das größte An-Institut der Universität der Künste Berlin, das Institute of Electronic Business e.V. (IEB), und leitet es seitdem als Direktor.
Seit 2007 leitet Prof. Schildhauer als Geschäftsführender Direktor das Berlin Career College im Zentralinstitut für Weiterbildung der UdK Berlin.
Das Alexander von Humboldt Institut für Internet und Gesellschaft gGmbH verantwortet Prof. Schildhauer seit 2011 als Geschäftsführender Direktor.
Mit der Gründung des Weizenbaum-Instituts, dem deutschen Internet-Institut, übernahm Herr Prof. Dr. Dr. Schildhauer die Teilprojektleitung für den Konsortialpartner UdK und verantwortet die im Aufbau befindlichen Forschungsgruppen zu innovativen, datenbasierten Geschäftsmodellen und der Zukunft des Wissenstransfers im digitalen Zeitalter mit.